講述了忍者神龜與蝙蝠俠跨時空相遇，他們本都是默默守護正義的使者。然而在鏟除罪惡的過程中蝙蝠俠和忍者神龜産生了誤解，經過一系列打鬥後，解除彼此的誤解，共同作戰，守護城市的和平以及人們的安全。