上一部結尾，尼奧（基奴李維斯 飾）終于意識到自己的能力和使命，中彈複活後，變成了無所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凱莉·安·摩絲 飾），艦長墨菲斯（勞倫斯·菲什伯恩 飾）回到了人類的基地錫安，受到人們的熱烈歡迎。
　　此時，“母體”決定先下手爲強，派出了兩萬五千只電子烏賊攻擊錫安基地；墨菲斯、尼奧和崔妮蒂則再次進入“母體”，尋找“制鑰者”，准備從內部破壞；而本該被尼奧消滅的特勤史密斯似乎出了點問題，脫離了“母體”的控制，擁有可怕的複制能力，阻礙尼奧他們的行動。