故事將從沉睡在福薩馬格納的古代化石集合在一起，變成巨大的怪獸並前往東京的背景下展開。人類將其視爲自然災害，只有妖怪們注意到了真相，開始擔心未來。這樣下去世界就會滅亡。能夠封鎖這一現象的是繼承了傳說中妖怪獵人血統的琦玉縣所澤市小學生渡邊兄，被視爲拯救世界的勇者的少年和卷入其中的妖怪們展開了大冒險。