21世紀初，人類將多數人留在被哥斯拉蹂躏的地球上，僅使被選中的人們乘上恒星間移民船·阿拉特拉姆，前往能夠移居的“約定之地·τ星e”。但這一計劃失敗，人類只得再度返回地球。而長距離亞空間航行所引發的時空歪曲，導致人類回到的地方變成了“兩萬年後的地球”。在這個地球，主人公·晴男等人在遭受哥斯拉襲擊的同時，與埃克西弗、比爾沙爾德兩種族的異星人共同實行謀劃了20年的“對哥斯拉戰術”，通過殊死戰鬥成功擊倒了哥斯拉。
　　但喜悅並未持續多久，深藏地下的真正哥斯拉“哥斯拉·地球”現身了。兩萬年間持續成長生存、身高300米、質量超過10萬噸，在進化成這種姿態的超巨大哥斯拉壓倒性的破壞力面前，晴男等人落花流水。
　　拯救了晴男的是被視爲人類的殘存者“弗圖亞”之民，米亞娜。弗圖亞是他們在這個地球首次遇到的人型生命種族。他們會是人類的子孫嗎——。“弗圖亞的神也被哥斯拉擊破，如今只剩下卵。挑戰者、抗爭者，全部被火焰吞噬而消失了”面對這樣的他們，晴男回應道“這是以人類的雙手奪回地球的最後機會了”。
　　另一方面，比爾沙爾德的指揮官·加爾格，注意到弗圖亞使用的箭頭是由“自律思考金屬體·納米金屬”所制造而歡喜。這和21世紀他們在富士山麓作爲“對哥斯拉決戰兵器”所開發、在啓動前遭到破壞的“機械哥斯拉”由同種物質所構成。這正是當時的開發設備至今仍然殘存的證明——。