故事講述的是一群瘋狂的科學家，爲了自己的夢想，研制出一套只需要少許基因便可複制出寶可夢的機器，並把發掘到的世界最強寶可夢複制成了擁有比夢幻更強能力的超夢。但當超夢醒來後，卻因無法找尋到真正的自我而暴走。火箭隊的老大出現在超夢的面前，用花言巧語把迷失自我的超夢拉攏過來爲自己辦事，但沒過多少時間，超夢再次對自我感到迷茫。超夢回到那個複制它的島嶼，決定開始它的複仇之戰。